Siekiant užtikrinti aplinkosauginius ir ekonominius projekto aspektus Vilniaus kogeneracinės jėgainės statybų vieta visų pirma buvo pasirinkta atsižvelgiant į Vilniaus miesto teritorijų planavimo sprendinius, atstumą iki gyvenamųjų teritorijų, techninius ir juridinius sklypo aspektus bei prieinamą viešąją inžinerinę infrastruktūrą.
Jėgainėje montuojami šiuolaikiniai, aukščiausius aplinkosauginius standartus atitinkantys technologiniai įrenginiai, užtikrinsiantys galimai mažiausią poveikį aplinkai. Kiekvienam jėgainės katilui įrengiami atskiri dūmų valymo įrenginiai, kurie automatiškai prisitaikyti prie dūmų sudėties pokyčių ir taip užtikrins didžiausią valymo efektyvumą bei galimai mažiausią poveikį aplinkai. Patvirtinta, kad Vilniaus kogeneracinė jėgainės projektas atitinka visus saugumo reikalavimus. Netgi avarinių situacijų atvejais jėgainės poveikis aplinkai ir žmonėms negalėtų viršyti leistinų norminių verčių.